侦探工藤新一与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，被灌下神秘毒药，副作用使他的身体竟回到发育期的孩童状态。于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲，担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。